El kanji es el de uso común, un ideograma para representar una idea (una palabra). El hiragana más se usa para las partículas gramaticales, aunque también se pueden usar para reemplazar al kanji en el habla cotidiana. El Katakana es para representar palabras y nombres extranjeros.
¿Por qué? Yo qué se, preguntale a los japoneses. xDDD